关于植被保护
禁止在封山育林、禁牧区内进行下列行为:
（一）开垦、采石、采砂、取土；
（二）采脂、割漆、剥皮、挖根及其他毁林行为；
（三）放养牛、羊等食草动物；
（四）损坏、擅自移动界桩、围栏和标牌；
（五）法律、法规禁止的其他行为。
禁止采伐国家公园、自然保护区的林木，国家和省人民政府划定的公益林只能进行抚育和更新性质的采伐，但因科学研究、林业有害生物防治、森林防火、抢险救灾需要采伐的除外。
关于水资源保护
在核心保护区、重点保护区内不得新建水电站。核心保护区内已建成或者在建的水电站，由县级以上人民政府依法组织限期退出、拆除，恢复生态；重点保护区内已建成或者在建的水电站，由省水行政主管部门会同省级有关行政主管部门制定评估整治标准及处置方案，由县级以上人民政府依法组织限期整治或者退出、拆除，恢复生态。
在秦岭的河道、湖泊管理范围内，禁止围河(湖)造田，违规修建房屋等建筑物（构筑物）、存放物料，擅自搭建设置旅游、渔业设施；禁止堆放、倾倒、掩埋、排放污染水体的物体；禁止其他危害河岸堤防安全及影响行洪安全的行为。
关于生物多样性保护
在秦岭范围内，禁止以下危害野生动植物的行为：
（一）非法猎捕、杀害、采集国家和省重点保护的野生动植物，破坏国家和省重点保护野生动植物栖息地、保护地及其环境；
（二）在国家和省重点保护的野生动物栖息地使用污染其生息环境的农药；
（三）使用非法工具或者非法方法猎捕其他野生动物；
（四）损坏保护设施和保护标志；
（五）非法引进、放归外来物种，随意放生野生动物；